私がモデリング段階で使用させて頂いている物等覚書
書いておかないとどんどん忘れる。バンプマップとかどうやったのかもう半分以上忘れてる。

ツール
メタセコイア（Ver3.1.5）
PMDE（PMXE）　http://kkhk22.seesaa.net/category/14045227-1.html
SAI

プラグイン
（メタセコ）
私家版 メタセコイア用プラグインリンク集
（PMDE）


PMDEditorウェイト保存/転送プラグイン
PMDE用闇鍋プラグイン

あとは　 VPVP wiki　や　bowlroll　に行くと幸せになれる時がある。

私の配布モデルは標準ボーンしか入ってないので、ボーンの追加はこちらの記事を読むと分かるかもしれないです。
16様のブロマガ

スフィア

モデリング覚えたいんだぜ！って方向け（私が「やりたいなー」言ってた時に教えて頂いたページ）
小物ではじめよう！モデリング入門
とにかくこの講座全部やって、ねんどろ改造モデル→自作モデルという流れでした。
今だとBlender覚えた方が良いのかなあ…